Chuck torna alle sue origini di hacker per una nuova missione. Un nuovo dipendente assunto al Buy More (DANNY PUDI, Community) complica l'amicizia tra Jeff e Lester.
Gertrude Verbanski (CARRIE-ANNE MOSS) fa il proprio ritorno con una missione da offrire a Chuck e una proposta da fare a Casey. L'intelligenza potenziata di Jeff conduce lui e Lester a sospettare che stia accadendo qualcosa di strano.
A rival security team proves to be stiff competition for Carmichael Industries; Morgan tries to adjust to being the intersect, as Chuck assumes the role of being his handler.
Il fatto di essere l'Intersect alimenta l'ego di Morgan e Chuck è messo alla prova nel suo ruolo di supervisore e amico. Capitan Fenomeno fa una rivelazione sul conto di Jeff e Lester. Con la guest star CARRIE-ANNE MOSS.