Un giovane passante si ferisce nel corso di una difficile operazione, e i pezzi grossi indagano sul coinvolgimento di Halstead.
L'Intelligence cerca un vigilante che tortura e uccide i pedofili.
La madre di Lindsay è coinvolta in un caso di omicidio e sua figlia non può occuparsi del caso.
La squadra incontra il nuovo capo di sezione, Mateo Cruz, che, all'insaputa di tutti, ha lavorato a lungo con JJ. Cruz entra nel team mentre nelle strade di Baltimora si dà la caccia a un soggetto che rende le vittime incapaci di comunicare.
Quando JJ viene rapita, la squadra indaga sul periodo da lei trascorso al Dipartimento di Stato per trovare degli indizi sulla sua scomparsa e scoprire una missione segreta che mette a rischio la sua vita. Il team chiede aiuto a Prentiss.