La squadra incontra il nuovo capo di sezione, Mateo Cruz, che, all'insaputa di tutti, ha lavorato a lungo con JJ. Cruz entra nel team mentre nelle strade di Baltimora si dà la caccia a un soggetto che rende le vittime incapaci di comunicare.
Erin e Anthony cercano di impedire il rimpatrio di un'importante attivista della comunità, Coryna Garza (Judy Reyes) che non ha la cittadinanza; Frank deve decidere se il NYPD parteciperà al prestigioso blitz degli US Marshals contro una gang locale.
Quando JJ viene rapita, la squadra indaga sul periodo da lei trascorso al Dipartimento di Stato per trovare degli indizi sulla sua scomparsa e scoprire una missione segreta che mette a rischio la sua vita. Il team chiede aiuto a Prentiss.
Quando una famiglia in vacanza viene rapita alle Barbados, la squadra lavora con l'Unità Internazionale dell'FBI per trovare la famiglia.
Quando nel cortile di una casa in Virginia vengono ritrovati degli scheletri, la squadra concentra l'indagine sulla famiglia che vi abita, scoprendo segreti che affondano le proprie radici nelle antiche divisioni razziali del sud.
