Veronica continua a imbattersi in nuovi elementi sul caso di Lincoln Burroughs: decide quindi di dedicarsi ad esso a tempo pieno. Il misterioso avvocato Nick Savrinn si offre di aiutarla, e i due fanno visita a Lincoln in carcere.
Kellerman e Hale ricattano il direttore della prigione, Pope. Intanto Michael scopre che l'evasione dovrà avvenire prima del previsto.
Michael scopre con orrore che un magazzino, elemento chiave del suo piano di fuga, è stato recentemente convertito in area ricreativa. Intanto Veronica e Nick sono alle prese con gravi minacce alla loro incolumità...
Michael crea una situazione di emergenza nel carcere per effettuare un'operazione necessaria alla riuscita del piano: ne viene fuori una rivolta dei detenuti e Sara rischia di farne le spese.
Mentre Lincoln è legato alla sedia e sta per essere giustiziato, vede suo padre nella stanza dei visitatori. Appena in tempo arriva la telefonata del giudice che ferma il boia. Viene ordinata l'esumazione del cadavere di Steadman.