Nell’ultima puntata, la Divisione Fringe viene attaccata, il Sig. Jones ritorna, Walter scompare e viene finalmente introdotto lo sfuggente William Bell (LEONARD NIMOY) di Massive Dynamics.
Gli agenti tedeschi rivolgono domande ad Olivia quando ritorna il Sig. Jones, e viene rilasciata una tossina letale che causa la chiusura degli orifizi e la morte delle vittime senza volto.
Durante l’indagine su una serie di rapine in banca che sfuggono alle leggi della fisica, Walter si rende conto che i ladri ad alta tecnologia vogliono qualcosa che gli appartiene.
Quando uno strano parassita si attacca agli organi interni di un agente, Dunham si precipita in Germania per incontrare un prigioniero che rivela dettagli su una minaccia molto più grande.
Walter si reca nell’Universo alternativo per aiutare con l’indagine su un evento criminale che riguarda entrambi i mondi; David Robert Jones rivela il suo prossimo obiettivo.