Una giovane e spietata killer professionista nota come “Glass Heart”, si lancia da un palazzo, ma miracolosamente si salva grazie al trapianto di un cuore trafugato dalla propria organizzazione. La donatrice è Kaori Makimura, compagna di Ryo Saeba alias City Hunter. Glass Heart sperimenta strane visioni che la portano a conoscere il tragico destino di Kaori e l’evoluzione della sua storia con Ryo.

Dopo essersi risvegliata dal coma, Glass Heart uccide le guardie e distrugge l'edificio prima di dirigersi a Shinjuku. Ryo percepisce che il cuore di Kaori si stava avvicinando a lui. Guidata dai ricordi di Kaori, Glass Heart si reca nel luogo in cui Kaori morì tragicamente.

Glass Hearth vagando per Shinjuku di notte mentre la sigla "XYZ" si insinua nella sua mente. Il legame con Kaori diventa sempre più forte ma l’incontro con Ryo è ormai prossimo.

Il maestro Li giunge in Giappone alla ricerca di Glass Heart, ma subisce un attentato da parte di un sicario e resta in fin di vita. Tutto riconduce ad una vendetta da parte della stessa Glass Heart. Nel frattempo, Ryo fa una tragica scoperta.

Le bande di Shinjuku sono a caccia di Glass Heart. Un’escalation criminale rischia di turbare gli equilibri dell’intero quartiere. Saeko Nogami dovrà scendere a patti con l’organizzazione criminale di Glass Heart onde evitare che la situazione degeneri pericolosamente.

La verità sul passato di Glass Heart emerge in tutta la sua tragicità e l’incontro con Ryo è ormai imminente.