Sakko Otori è uno studente dell’Accademia Enoshima e viene ritenuto una testa calda dai compagni.La sua amica d’infanzia viene tragicamente a mancare, ma nel corso degli Element riappare raccontando di cose accadute 12.000 anni prima.

Gli Element apprendono che la bestia combattuta arriva dall'universo mitologico degli Angeli delle Tenebre e che saranno loro a doverla sconfiggere.

Momohime vuole saperne di più sulla morte di Sayo e entra a far parte degli Element. Tutti insieme hanno una strana visione di esseri alati.

Dopo la prima fusione, Momohime e Rimiya iniziano a sentire un legame speciale sul quale vogliono indagare.

Mentre speculano sui sette misteri della propria accademia, qualcuno di veramente misterioso fa la sua comparsa tra di loro.

Ciò che manca a Hana, la sorella minore di Sayo, viene violentemente alla luce, insieme ad altri segreti.