Il programma Xana, che i ragazzi credevano di aver distrutto, sembra non esserlo affatto. Riavviano il supercomputer che porta a Lyoko, un mondo tecnologico complesso, per verificare se Xana sia andato distrutto o no, ma nel riaccendere si renderanno conto che non è così.

Ulrich, Jeremy, Aelita, Yumi e Odd tornano alla routine quotidiana di allievi della scuola media Kadic. Ma Xana, l'intelligenza artificiale che erano riusciti a sconfiggere, riappare e i ragazzi sono costretti a riaccendere il Supercomputer per tornare su Lyoko e combatterlo di nuovo. William si offre di andare con loro, ma Jeremy ancora non si fida.

Un ragazzino abbraccia Aelita togliendole le forze. Ulrich, per difenderla, entra in contatto col ragazzo e inizia ad avere problemi all'udito. Jeremy capisce che si tratta di uno spettro e con gli altri va al laboratorio.

Jeremy deve fare i conti con il nuovo geniaccio dell'informatica, arrivato da poco in classe: Laura Gauthier. La ragazza cerca di entrare nel gruppo dei cinque amici, convinta che Jeremy stia programmando un nuovo gioco online.

Ulrich mostra gelosia nei confronti di William, che sta preparando una ricerca insieme a Yumi. Quest'ultima viene infettata da uno spettro polimorfo con l'aspetto di William e inizia a sentirsi poco bene. Mentre Ulrich tiene occupata la copia, Aelita, Odd e Yumi in missione su Lyoko disattivano la torre facendo scomparire lo spettro.

Jeremy ultima le modifiche al Megapod, che permettono ai ragazzi di tornare nel Cortex. A partire sono Aelita, Ulrich, Odd e William. Scopo della missione è entrare nella Volta e usare le periferiche modificate, le ultra DMA, per trasmettere nuovi dati al supercomputer e capire cosa ci sia dietro al ritorno di Xana.