L'Istituto Honnoji è una scuola stretta nel pugno di ferro del consiglio studentesco, guidato da Kiryuin Satsuki, che la controlla tramite una rigida gerarchia basata sul possesso di speciali uniformi capaci di dare poteri sovraumani a chi le indossa. Nell'istituto arriva Matoi Ryuko, una ragazza alla ricerca di indizi sull'assassinio del padre.