シーズン11、エピソード10: スカリーがネット･ニュースに世界規模の陰謀の情報を流したことから、カーシュ長官はXファイル課の閉鎖を宣言。そんな状況下で、モルダーとスカリーは息子ウィリアムを守ろうと彼の行方を追うが、スモーキング･マンも、そして謎の組織も彼を追っていた。モルダーはスモーキング･マンの部下レイエスの情報により、謎の組織のリーダー、ミスターYと対決。ついにウィリアムと対面するが、追手がすぐそこまで迫っていた…。