新しい教皇を選出するコンクラーベと行うことになったカトリック教会の総本山ヴァチカンで、候補者である枢機卿たちが誘拐される事件が発生。ヴァチカンの依頼で調査に乗り出した宗教象徴学者ロバート・ラングドン教授は、教会に迫害された科学者たちが創設したという秘密結社イルミナティが、再び現代に姿を現したのではないかと推理する。犯人はスイスの研究所から恐るべき破壊力を秘めた“反物質”を盗み出し、ヴァチカンの爆破をも計画。ラングドン教授は美人科学者ヴィットリアの協力を得て、謎に包まれたこの事件の真相に迫っていく。