今日は身長2mmのミニモイ族が暮らす<ミニモイの国>の扉が開く満月の日。かつてミニモイに変身して国の危機を救った少年アーサーは、大好きな王女セレニアに再会できるこの日を心待ちにしていた。そんな時、「助けて！」と書かれた米粒がアーサーのもとに届く。これはミニモイからのＳＯＳ？！魔王マルタザールが再びセレニアを襲う！？ミクロになった王子アーサーと宿敵マルタザール。最後の戦いが、今幕を開ける！