ロースクール卒業間近のヴェロニカ・マーズは、故郷ネプチューンと、女子高生探偵として駆け回っていた日々を封印したつもりだった。そんなある日、ニューヨークで大手法律事務所の面接を受けている最中、殺人容疑を着せられたという元彼のローガンから電話がかかってくる。ローガンの弁護士を探すためにネプチューンに戻ったヴェロニカは、ローガンが取り調べで不当な扱いを受けていることを知り、いつの間にか封印していたはずの世界に引き戻されていくのだった。