クリプトン星の3悪人との戦いに勝利したクラーク･ケントことスーパーマンだったが、その後彼は謎の失踪を遂げる。スーパーマンが不在となった地球では犯罪が急増、加えてレックス･ルーサーも仮釈放が認められ出所してしまう。そんな中、5年ぶりに地球に戻ってきたスーパーマンだったが、久々に再会したかつての恋人ロイス･レインは、彼との思い出を振り切り新たな道を歩み始めていた…。