ベンたちのもとに行方不明の父親を捜す少女・エレナが現れた。実は彼女はベンの幼馴染みだった。彼女を助けるために、ベンは仲間たちから離れ捜索に向かう。その途中で、エイリアンナノテクノロジーで作られたチップとエイリアンとの関係を知り…。