旅をするサトシたちの前に、空から突然大きなポケモンが降ってきた！それは幻のポケモン・ボルケニオン。人間に傷つけられたポケモンたちと暮らすボルケニオンは、人間たちのことが大嫌い。急いで立ち去ろうとするボルケニオンだが、なぜかサトシまでいっしょに引っ張られてしまう。ふたりは不思議な鎖で繋がってしまったのだ！ 仕方なくボルケニオンはサトシを引きずりながら、「アゾット王国」を目指して走り始めた。一方、アゾット王国の大臣ジャービスは、人造ポケモン・マギアナと、マギアナに宿るといわれる「ソウルハート」という未知なる力を手に入れていた。ジャービスはその力を利用して、王国を支配しようとたくらみ、ボルケニオンはマギアナを取り戻そうとしていたのだ！はたしてサトシとボルケニオンは、マギアナを助け出すことができるのか？ 「ソウルハート」に秘められた、本当の力とは？ 今、ポケモン史上最も熱いバトルが始まる！