アフリカの小さな村で幼い娘のジル（シャーリーズ・セロン）と暮らし、野生ゴリラの研究をしていた女性動物学者のルースは、ある日密猟者からゴリラを守ろうと銃弾に倒れ、帰らぬ人となる。ジルは子供のゴリラ“ジョー”と共に育ち、たくましく美しい女性へと成長、ジョーも体長5メートルの巨大ゴリラになり山の守護神と呼ばれるほどに。ルースの死後12年、アメリカからやってきた動物学者グレッグ（ビル・パクストン）は、ジョーと遭遇、敏捷で感受性の強いジョーの魅力に惹かれた彼は、安全のためにカリフォルニアの動物保護センターにジョーを移すべきだとジルに訴えた。最初はグレッグを信用していなかったジルだが、密猟者からジョーを守るために、自分が一緒にカリフォルニアに行き、面倒を見るということを条件に動物保護センターに行くことを決意する。新天地カリフォルニアで、少しずつ環境に慣れていくジルとジョーだったが、それを快く思わない男がいた。かつてルースを殺害した密猟者シュトラッサーだ。シュトラッサーの思惑で、ジョーとジルは罠にはめられることに…。