時空の塔がそびえる街アラモスタウンへやってきたサトシたち。そこで出会ったアリスに町を案内してもらっていると、緑ゆたかな庭園が何者かに荒らされているのを発見する。幻のポケモン・ダークライのしわざにちがいないというが...。やがて不気味な影の中から、サトシたちの前にダークライが姿をあらわした。