すでにミュータントの大半が死滅した2029年。長年の激闘で心身共に疲弊しきったローガンはもはや不死身の存在ではなく、リムジンの運転手として日銭を稼ぎ、メキシコ国境近くの廃工場で年老いたチャールズ・エグゼビアの面倒を見ながら暮らしていた。ある日、ローガンはガブリエラという女性から、ローラという謎の少女をノースダコタまで送り届けてほしいと依頼される。まもなくガブリエラは殺害され、やむなくローガンはローラを廃工場にかくまうが、ローラを奪い返すために巨大企業トランシジェン研究所から放たれた男ピアースが武装集団を引き連れて廃工場に押し寄せてくるのだった……。