白亜紀で1年を過ごしたアビーとコナーは、肉食恐竜の巣から時空の亀裂探知機を発見し、ついに時空の亀裂を通って現代に帰還する。新編成された亀裂調査センター (ARC) に呼ばれた二人は、自分たちを追ってきたスピノサウルスを巨大なアリーナに追い込む。コナーは誤って探知機をスピノサウルスの体内に落とし、スピノサウルスは消えてしまう。その後ARCは、軍隊経験者のみを採用するという新方針に基づき、アビーとコナーに解雇を言い渡す。
結婚式場に亀裂が現れ、ARCチームは現場で調査を開始する。そこで偶然にも以前の同僚ジェニーと再会する。ジェニーは民間の男性との結婚を控えていたのだ。コナーたちは婚約者にジェニーの過去がバレないよう、うまく立ち回る。そんな中、現場にエミリーが現れ、今の時代にいる限りはチームの役に立ちたいと主張。そしてマットに素性を問うが、はぐらかされてしまう。
“ガラス作戦”はソ連による英国への核攻撃なのか。アルカディが次に接触した人物は、駐英の米国人武官と愛人関係にあり、明らかにスパイとして訓練を受けた女性だった。その女が米軍の活動するレイクンヒースへ向かったことから、核をめぐる動きがあるとダディたちは焦る。その基地には先週、核兵器を搭載した米国機が到着していたからだ。女を拘束しようとジョーは彼女に近づく。ところが、彼女はMI6の諜報員だった。誰が味方で、誰が敵なのか・・・
水辺の小さな町で、キャンプ中の若者が忽然と姿を消した。若者は、密かに語り継がれている伝説の怪物を探しに来ていた。そんな中、コナーとアビーが亀裂の調査に訪れる。コナーは亀裂を追って洞窟へ。そこでは町の男が怪物の子供を閉じ込めていた。彼は母親と結託して軽油の偽装を行っていたのだが、その発覚を恐れ、子供を使って若者を亡き者にしたのだ。そして、その偽装工作が原因で、亀裂に異常が生じていた。
コナーは旧友ダンカンに再会したが、ダンカンは怪物探しへの情熱を失っていた。かつては大所帯のコミュニティで暮らしていたダンカンだったが、バラバラ死体が続出し始めたことに恐怖を感じ、そこを去ったのだった。その犯人である怪物が港に出現。コナーとダンカン、そしてアビーたちは現場に急行。そこでの激しい追跡の末、怪物を仕留める。コナーとアビーはレスターに活躍を認められ、チームに復帰を果たす。
