名門、私立黒主学園。この学園には普通科（デイ・クラス）と夜、学校へ通う（ナイト・クラス）という二つのクラスが存在していた。ナイト・クラスの生徒達は全員美形の、超エリート集団だが、実は彼らは全員ヴァンパイア！ 1年生の黒主優姫は幼馴染の錐生零とともに、風紀委員として、ナイト・クラスの生徒達を追い駆け回す、デイ・クラスの生徒達を取り締まる一方、ヴァンパイアの秘密を守る学園守護係（ガーディアン）として奔走する毎日を送っていた…。

明日は年に一度、女子生徒が男子生徒へチョコレートを渡すことができる黒主学園の恒例行事、「聖ショコラトル・デー」。前日に抜け駆けをしてナイト・クラスの男子にチョコを渡そうとする女子達を取り締まりながらも、優姫は日頃お世話になっている枢先輩へ渡すチョコを一生懸命作っていた。一方、その頃零は謎の発作に襲われているところを理事長に見つかってしまう。どうやら、理事長はその発作の原因を知っているようなのだが…。

風紀委員として、陽の寮、月の寮の抜き打ち持ち物検査をすることになった優姫と零。しかし、零が月の寮の検査を前にして学校から抜け出してしまった。慌てて後を追う優姫だったが、零を見つけることはできない。街の中を一人で歩くうち、10年前の恐怖が甦る優姫。そこへ謎の親子連れが現れて…。

優姫の状態を目にした枢は、零から優姫を引き離す。連れて行かれる優姫に何も言えない零。零の隠された秘密を知った優姫は、自分が今まで零のことを何も理解していなかったこと悔やみ涙を流す。そんな時、優姫は理事長室で、枢と理事長の密談を耳にする。“零を守るため…”悩みぬいた末、優姫は枢に“ある頼みごと”をするために、月の寮へと向かう…。

いつも通りの一日が始まろうとしていた黒主学園に新しい倫理の教師、夜刈十牙が赴任してきた。とても教師には見えない夜刈の風貌にざわめく、デイ・クラスの生徒達。中でも、零は完全に冷静さを失っている様子。そして、夜刈の発したある一言を聞くと、零は突然教室を飛び出してしまう。慌てて零の後を追った優姫は、夜刈との関係を零に問いただすも、答えない零。そこへ理事長が現れ、優姫と零は二人で外出することになるのだが…。

優姫に牙を立てようとしたものの、寸前で自分を取り戻した零。が、彼を殺そうとしたものがいた。それは、新しく赴任してきた教師の夜刈。実は夜刈はヴァンパイアハンターであり、零の師匠であった。理事長が割って入り、ことなきを得たものの、優姫は傷を負った零と引き離されてしまう。翌日、零が学校に現れなかったことを不審に思った優姫は、夜刈から零が拘束されている居場所を聞き出す。タブレットを受け付けない体を案じる優姫は、ある“決意”をする…!!