ストラトス・フォー CODE:X-1/X-2

コメットブラスターの千鶴とアネットが下地島基地に現れた。ふたりは、第7オービタルステーションの司令であった美春のビデオ日記を持参する。そこに記録されていた内容にショックを受ける一同。その頃、軌道上の第7オービタルステーションでは異変が起きつつあった……!?

スペースデブリの直撃を受け、大気圏へと落下を始めた第7オービタルステーション。中には取り残された作業員がいたが、急遽、千鶴とアネットが救出に向かい作業員は無事脱出。美風・香鈴・彩雲・静羽の4人は、地球に向けて落下するオービタルステーションを空中で破壊するため、TSR.2MSで発進するが……。

第7オービタルステーションの墜落事故から、地上を守った美風・香鈴・静羽・彩雲たち4人がコメットブラスター採用試験のために下地島を旅立った。その後和馬は無人迎撃システムの運用試験のため新造された第8オービタルステーションへ、翼と空はテストパイロットとして本土の岐阜基地へと転出し、皆それぞれの進路を歩んでいた。下地島迎撃基地にも新たに三人の候補生・霧子、美麗、磨奈が配属され、活気を取り戻しつつあったが、そこへある日、予定外のジェット機が飛来して…。

下地島に戻った美風・香鈴・彩雲・静羽の4人は見習い教官として、霧子・美麗・磨奈ら新人三人組をシゴクことに。練習機Yak-28MSTを駆り、それぞれのやり方で訓練を続けていた。その時、下地島に高速で接近する2機の飛行物体が出現、基地へ着陸する。それは、岐阜基地でテストパイロットとなった翼と空がフェリーしてきた新型MS機、MiG-31MSだった。その頃、第8オービタルステーションでは、千鶴やアネットの進言にもかかわらず、司令官ディアナが開発試験中の無人機を使用して彗星・クララ迎撃を強行しようとしていた…。

新型機を見て、俄然やる気を出し始めた新人3人組に少々気圧される見習い教官の美風たち。ロードワーク中、新人に置いていかれた美風は、ふとしたことから司令と一緒にいるクリスとベティーを目撃する。聞けば、任務への復帰が認められ、宇宙に戻る前に司令が呼んだのだというが、その顔はどことなく自信なさげで、基地を挙げての歓迎会でもリラックスした表情が見られない。クリスとベティーの心は、あの記憶に縛られたままなのだろうか…？そんな2人を見ていた美風たちは、2人を元気付けようと「ある試み」に出るが―。

第8オービタルステーションへ着いたクリスとベティー。しかし、彼女たちは千鶴とアネットとうまくコミュニケーションをとることができない。その頃、どこか翳りのある彩雲に心配を募らせていた美風たちに、千鶴から通信が入る。宇宙に戻ってきたクリスとベティーを温かく迎えられなかった彼女たちも、美風たち同様に悩んでいたのだ。宇宙と地上、それぞれにしこりを抱えた2つのチームに、かつての結束は生まれるのか？ 一方、美春と謎の少女・レイを収容しているつくば研究所を、機密資料を携えた月野が訪れる。彼の目的は一体……？