マダガスカル沖の沈没船から重要な遺物が発見され、専門家のバリー･クリフォードと歴史家のスコット･ウォルターが世界中を巻き込んで探索に乗り出す。彼らは17世紀の海賊と中世のテンプル騎士との歴史的な繋がりについて調査する。

テンプル騎士団の伝説を追いながらポルトガルにやって来たスコットは、そこで調査が急転するような驚くべき新発見をする。その頃マダガスカル沖のバリー･クリフォードは、沈没したウィリアム･キッドの海賊船を集中的に調査し、驚くべき発見をする。

ある金属の塊に刻印された文字の意味を知り、キッド船長の所有した財宝の一部と見たバリーとスコット。テンプル騎士団との関係性を裏付ける発見を得て、失われた財宝に一歩近づけたことを実感する。

キッド船長の財宝の一部という手がかりを得たスコットはマダガスカルへ。古代テンプル騎士団の要塞となった遺跡で重要な手がかりを得る。そのまま北上して海賊湾に出たバリーのチームは新たな沈没船を発見、それがテンプル騎士団の船と推測する。

テンプル騎士団と海賊の関係性について掴んだ情報を手に、スコットたちはインドの西海岸へと向かった。そこで驚愕の手がかりを見つけたバリーは、そのままテンプル騎士団の財宝の中で最高の価値を持つとされるゴアの炎の十字架の調査をすべく、小さな島へと向かう。

テンプル騎士団による財宝の手がかりを掴むため、バリーのチームは望みを最後の調査に託すことに。そこではテンプル騎士団と海賊とをリンクさせる重要な遺物を発見する。