科学者を母に持つトムは、ドラゴンの存在をひそかに発見し、家を失ったナイトライト・ドラゴンと絆を深めていく。さらに、地殻変動によってできた巨大な亀裂の中に「隠された世界」への入口があることを知ったトムは、仲間たちと共にドラゴンを守ると誓う。