不思議な生き物、ポケットモンスター（ポケモン）と人間が互いに助け合って生きている世界。この世界ではポケモン同士を戦わせる「ポケモンバトル」が盛んに行われており、多くの少年少女たちが最強のトレーナーを目指して旅をしていた。 マサラタウンに住む少年・サトシも「ポケモンマスター」に憧れる1人。彼は10歳の誕生日に、町に住むポケモン研究者のオーキド博士からポケモンを貰って旅立つことになっていた。しかしサトシはその旅立ちの朝に大寝坊、慌てて研究所に向かったもののヒトカゲ、フシギダネ、ゼニガメの3匹は全てライバル達に持って行かれた後だった。そんなサトシに博士が差し出したのは、ねずみポケモン・ピカチュウ。可愛らしい容姿のピカチュウにサトシは一目ぼれ。こうしてサトシの旅は始まったが、相棒のピカチュウはサトシに対して心を開こうとしなかった。 対立しながらの旅を始める1人と1匹であったが、ふとしたことから起きたオニスズメの大群との戦いを通して打ち解け、唯一無二のパートナーとなる。そして多くの人やポケモンとの出会いと別れを繰り返しながら、サトシと仲間達の冒険の日々は続いていく。