どこかの宇宙、海明星に住む加藤茉莉香は、ごく普通の高校生。学校ではヨット部で部活を楽しみ、放課後は喫茶店ランプ館でウェイトレスのアルバイト…。そんな毎日を過ごしていた。そんな茉莉香のもとに、突然、宇宙海賊船「弁天丸」の船長就任要請が届く…。

喫茶店ランプ館がうさんくさいそのスジの人たちで満席になった。理由は茉莉香。彼女が海賊船「弁天丸」の船長の娘で、船長亡き今、弁天丸を継承する資格を持つのは彼女だけなのだ。当の茉莉香はそんなことには一切気づかず、いつもの通り。ところが、ついに店内で銃撃戦が勃発して…。

ヨット部の課外授業として、ヨット部の練習用帆船オデット二世を使った練習航海が決まった。練習航海前の船内チェックを行っている最中、オデット二世は謎のハッキングを受ける。何者かがオデット二世を狙っている…。当直でそれに気づいた茉莉香とチアキは、電子戦で対抗をすることに…。

弁天丸の船長になることを決意した茉莉香。ミーサに連れられて私掠船免状更新のための役所周りを終えた茉莉香を待っていたのは初仕事に向けての様々な訓練だった。バルバルーサからチアキも参加して訓練は続く。ミーサはそんな茉莉香を見ながら彼女が宇宙を選んだ理由について思いを巡らせる。そして初仕事の日がきた…。