米国の最新原子力潜水艦“コロラド”に突然、パキスタンへの核ミサイル発射命令が下った。これほどの重要な指令が、通常とは異なる経路から発せられたことに疑念を抱いたマーカス艦長だが、命令に背いた事で政府から指揮権を剥奪されてしまう。副長サムも命令を拒否すると、コロラドは味方の米国潜水艦から攻撃を受けてしまう。沈没の危機に瀕しながらも部隊は何とか近海のサンタマリナ島に到着。マーカスはそこを拠点とし、自国に宣戦布告、戦うことを決意する。