ニューヨーク市警の敏腕刑事リンカーン・ライムはボーン・コレクターと呼ばれるシリアルキラーを追っていたが、犯人の罠に掛かり落下して四肢まひの体になってしまう。それから3年。アメリア・サックス巡査がニューヨークの地下鉄を巡回中に線路に変死体を発見。セリート刑事はボーン・コレクターの仕業と見て、アメリアを連れてリンカーンを訪問する。証拠を3つ残すという手口にボーン・コレクターの再来を確信し......。

タスクフォースの始動を翌日に控えたリンカーンたちのもとに、ある事件が持ち込まれる。過去に連続殺人を犯したシリアルキラー「神の怒り」がニューヨークに現われたのだ。現場で発見された絵画から、リンカーンは事件が神話の天罰をなぞったものと推理。そこから割り出した次のターゲットを救出することはできたが、犯人は取り逃がしてしまう。その後、幼いころに母親が「神の怒り」の被害に遭った男性が見つかり......。

シープスヘッド・ベイのロシア人地区で、ギャビーは夜に女性の叫び声を聞き、向かいの空き家をのぞくと大量の血を目にする。そのことを警察に話すも、その家はDNA一つないほどきれいに片付けられていた。セリートとアメリアは聞き込みを始めるが、誰もが口をそろえて、ナタリアという女性がネズミを見て声を上げたと言うのみ。顔に傷を負ったサラという少女にも話を聞こうとしたが、何も知らないと避けられてしまい......。

サラナック・カレッジの「死体農場」で、17歳の少年ジョシュの遺体が見つかる。ジョシュは、遺体の腐敗プロセスを研究するこの施設に置かれている母グレイスの遺体に殺人の証拠を探しに行ったようだ。チームは調査を開始するが、サラナック・カレッジにあるはずのグレイスの資料がなぜか消えていた。なんとか入手した情報から、彼女の持病と遺体所見に食い違いを発見。さらにジョシュの検視報告書にも矛盾があり......。

ニューヨークの図書館で、リンカーンの大学時代の恩師である歴史学のバンクス教授が遺体で発見される。ボーン・コレクターが現場に残した3つの遺留物から、次の犯行場所をニューヨークの最古のバー、フランシス・タバーンと読んで駆け付けるが、店内には炭酸ガスが充満して男性が亡くなっていた。アメリアとリンカーンはボーン・コレクターの意図について対立。興奮したリンカーンは発作を起こしてしまい......。