1000年後。かつて茨城と呼ばれていた地域の南端に広がる人口3000人ほどの町・神栖66町。和貴園と呼ばれる小学校に通っていた早季は、潜在的に人間に備わった超能力“呪力”の発現のため、利根川上流の隠れ寺である清浄寺での神聖な儀式に臨む。それから数日後、早季は本格的に呪力を学ぶ上級学校、全人学級にいた。今後行動を共にする同じ班のメンバーは、和貴園からの親友である瞬、真理亜、覚、そして別の小学校から進学してきた守と麗子の5人。これから始まる希望に満ちた学園生活に胸躍らせる一同。その中で、早季だけは全人学級の雰囲気に言い知れない違和感を覚えていたが…。

全人学級では、何事もなかったかのように平穏な日々が続いていた。突然姿を消した麗子など、最初から存在しなかったかのように…。それから1か月後、学校の恒例行事である“搬球トーナメント”の時期が近づいてくる。それは、2つの班が搬球側と妨害側に別れて競う、呪力を使った球技大会。搬球側は大きな大理石の球を転がしてゴールの穴を目指し、妨害側はそれを阻止するという競技だ。早季、瞬、覚、真理亜、守の5人は、学園生活を満喫しながら準備を進めた。そして迎えた大会当日。早季たちは、瞬の活躍もあって決勝戦に駒を進めるが、そこで予想外の事態が起きて…。

全人学級最大のイベント“夏季キャンプ”が始まった。これは、キャンプを張りながら7日をかけてカヌーで利根川を遡り、自分たちの力だけで自然を探索するという野外実習。早季、瞬、覚、真理亜、守の5人は、3艘のカヌーに分かれて利根川を遡上。順調に行程をこなし、初日の夜を迎える。焚火を囲んでとりとめもない話に花を咲かせる一行。そんな中、覚がいつもの調子でホラとも実話ともつかない噂話を始める。覚によると、利根川のさらに北にある筑波山で、悪魔のミノシロと呼ばれる未確認生物が目撃されたという。「それを見た人間は遠からず死ぬ」という噂もあるらしいが、早季はまた覚のホラ話が始まったと取り合わなかったが…。

夏季キャンプに出掛けた早季たちは、霞ヶ浦のさらに奥の山中で、悪魔のミノシロと恐れられる未確認生物のミノシロモドキと遭遇する。しかしそれは、自らを“図書館”と名乗る旧時代の遺物だった。早季たちは戸惑いながらも、現在では閲覧が禁止されている書物を網羅しているその情報端末から、“悪鬼”や“業魔”の本当の意味を引き出す。そこには、人類がたどってきた血塗られた歴史が刻み込まれていた。ミノシロモドキが語る凄惨な歴史におののく一同。それでも瞬は、今の社会がどうやって形作られてきたのか、聞かずにはいられなかった。そして、その歴史が明らかになるにつれ、自分たちの社会がいかに歪んだものであるかを気づいていき…。

霞ヶ浦奥の山中でミノシロモドキを発見し、人類の真実の歴史を聞いてしまった早季たちは清浄寺の離塵によって拘束される。そして、規定に反すると知りながら情報を引き出した罰として、その場で呪力を凍結されてしまう。ところが、清浄寺へ引っ立てられる道中で、外来種と思われるバケネズミの一団と遭遇。戦闘状態に陥り、離塵は風船犬の爆発に巻き込まれて消し飛んでしまった。風船犬の驚くべき生態を知っていた早季たちは、間一髪のところで難を逃れたが、周囲はバケネズミによって囲まれていた。降り注ぐ矢の雨を散り散りになってかわす5人。絶体絶命の窮地の中、早季と覚は何とか合流するが、狂暴なバケネズミに捕らえられてしまい…。

外来種のバケネズミから逃れ、人間に従順な塩屋虻コロニーにかくまわれた早季と覚だったが、命の危機は続いていた。塩屋虻の奏上役スクィーラが呪力を使おうとしない早季たちに疑念を抱いている様子を垣間見せている上、土蜘蛛と呼ばれる外来種のバケネズミの追撃もやんだわけではなかった。その悪い予感は的中し、早季たちが身を寄せる塩屋虻コロニーは、土蜘蛛の毒ガス攻撃によって大混乱に陥ったのだった。土蜘蛛の追撃からいったんは逃れた2人だったが、地下のコロニー内に完全に閉じ込められてしまう。薄い空気と間断ない恐怖の中、次第に意識が朦朧としてくる早季の脳裏に、ある光景が蘇り…。