祖母に全寮制の学校への編入を命じられ、拗ね気味のマリ。海鳳学園へ向かう途中、マリは多数のアジサシを見かけ寝そべっていた車の後部シートから起き上がる。そして、アジサシの群れの先に佇む少女を見つけたマリは、その不思議な雰囲気の少女に魅入られ、視線が外せなくなり…。

他の艦からの呼び出しに応じ、コマンダーとして艦に乗り込む萩乃。痛みと哀しみの記憶を乗せ、再び動き出す戦艦BLUE。マリと萩乃、そしてアザナエル。交錯するそれぞれの想いの中、BLUEは浮上して…。

愛するものを失った哀しみは、憎しみの炎と変わる…。その炎に焦がされていくアザナエル。その憎しみを甘んじて受けることを選ぶ萩乃。そんな時、ノヴァールより対人プローブがマリの方に射出されたことを知った萩乃は、彼女を救うために一人で艦を離れて…。

失われたはずの家族の絆に、困惑する朱音。一方、そんな絆の存在が理解できない萩乃と、それを繋がんと奮闘するマリ。そんな中、萩乃の同胞である砲艦ケルビルーのスピアシェルがBLUEを襲い…。