過去に起きた事故の影響で廃墟となった旧首都。この地に降り立つ3人の少女、成瀬荊、深作葵、野村タエ子。彼女達コッペリオンに課せられた任務は旧首都に残された人命の救出。生存者を探しながら旧首都を捜索する彼女達の目の前に現れたのは、防護服をまといながらも助けを求める生存者の姿であった。彼の姿を見つけた荊は三島教頭の制止を振り切り救助に向かう…。

タエ子の救出に向かった荊と葵。その前に現れたのはタエ子に銃口を向ける生存者であった。万能薬「エーテル」を投与し、生存者を沈静化させた荊たちは、彼（川端満男）が一人娘の未来が行方知れずであることを知る。その後、満男と彼の妻（雪子）から事故後の旧首都での生活と愛娘の未来（ミク）に対する想いを打ち明けられる。荊とタエ子は未来の捜索に乗り出すが…。

生存者の捜索を続ける荊たち。一方、三島教頭は荊が救出した生存者、谷崎から生存者のリーダー格とおぼしき「配達人」の存在を知る。彼らの持つ車の鍵を見つけたことから、偶然にもその配達人と出会うことに成功した荊たちは彼らから旧首都での生活の実態を見せられる。配達人の情報を頼りに残された生存者「あやめ婆さん」の救出に向かう荊たち。そのさなか三島教頭は科学班の武者小路から配達人の正体を知らされる…。

化けガラスの追撃を始めたコッペリオン。葵の見つけたハンドアローを手に追いつめる荊。化けガラスの死角を突くことで撃退に成功する。化けガラスの不時着した危険区域、そこには高レベル廃棄物とその処理を専門にする業者「イエローケーキ」の存在があった。その事実に憤りを隠せない荊。そんな彼女の耳に飛び込んできたのは司馬博士が行方をくらませたという連絡であった…。

生存者がいるというJASA本部を目指す荊たち。その道中で生存者・梶井五次郎とその娘で妊婦の息吹が兵士らに襲撃されているところに出くわす。なんとか襲撃をかわした荊たち。その正体が自衛隊の亡霊、第一師団ということを五次郎から知らされる。かつては国民を守るため戦っていた彼らに何があったのか…。そのことに思いをめぐらせる間もなく、再び第一師団に襲われる。他の生存者の応援もあり、逃げ出すことに成功するものの、タエ子は負傷してしまう。

第一師団の包囲網をくぐり抜ける方法を模索する、荊とプラネットの生存者たち。そこへ侵入者がいることを知らせるサイレンが鳴り響く。狼が来たと勘違いし、不用意に外へ出た葵は第一師団に捕まってしまう。この時、「第一師団の目的は生存者ではなくコッペリオン自身にあるのでは」と荊は仮説を立てる。葵の救出に向かう荊であったが、第一師団のリーダー「白外套」が立ちふさがる。強襲を受け気絶してしまった荊。そのピンチを救ったのは、「掃除係」の黒澤遥人だった。