如月ハニーは聖チャペル学園に通っている女子高生。だが、その正体は天才科学者・如月博士によって生み出された美少女アンドロイド。愛の戦士キューティーハニーである。ハニーは謎の秘密結社 パンサークローを捕まえるべく、対パンサークロー捜査官とともに行動する。しかし パンサークローの幹部であるシスタージルが偽名を使い潜入。ハニーは敵であることを知らず、シスタージルを純粋に信じ続けるが……