特別捜査官のスコット･フォレスターはブダペストを拠点とするFBIのフライチームを率いている。チームは、イゾベル･カスティーユから協力を依頼され、14歳の少女を連れてザグレブに飛んだアメリカ人の逃亡犯を逮捕すべく、クロアチアへ向かう。OAは逃亡犯に裁きを下すために、フライチームに合流して捜査を続ける。一方、ユーロポールのカトリン･イェーガーは、あまり協力的でない地元の捜査機関からフライチームが必要な支援を受けられるよう、手助けをする。特別なトリプルクロスオーバー企画の最終話。

アメリカで単独親権を得られなかった若い母親が息子を連れてハンガリーに逃走し、フライチームに出動要請が来る。しかしブダペストで白昼堂々、息子が母親の元からさらわれ、父親と母親のどちらを信用すべきなのかフライチームは疑問を抱く。

スイスの金庫に輸送中だった数千万ドル相当の仮想通貨が入ったウォレットが盗まれ、運んでいたアメリカ人が殺される。そこでフライチームが捜査に乗り出す。

スペイン人の恋人が殺された現場に遭遇したアメリカ人男性が、無実を訴えてマドリードの大使館に保護を求める。フライチームは彼を救うべく捜査を始める。一方、ヴォーとレインズは友情を深めていく。

ポーランドで、匿名の情報源に会おうとしたアメリカ人のジャーナリストが毒殺され、フライチームは捜査に乗り出す。また、ケレットは、任務なのに部下である自分に対して過保護だとフォレスターを非難する。

アメリカの諜報部門の交渉担当者が行方不明になり、パリにある彼女の部屋で血痕が見つかる。アメリカの核機密情報が敵の手に落ちる前に彼女を見つけようとフライチームは奔走する。一方、フォレスターはかつて姿を消した母親の情報を探ろうとする。