鉄郎は、メガロポリスステーションに向かう途中、機械伯爵に襲われ母を亡くしてしまう。だが、亡き母そっくりな謎の美女メーテルに救われ、共に銀河超特急999号で旅に出ることに。機械の体をくれるという星を目指して・・・。

火星の都、大シルチス。そこは、赤い風が吹くだけのさびれた星だった。そこで鉄郎は999号に乗ることを夢みるゼロニモに撃たれ、パスを奪われる。だが、ゼロニモは恋人フレーメに銃を向けられ・・・。

知り合ったウエイトレスのクレアに、亡霊から命を救われるが、クレアは砕け散ってしまった。ようやく到着した土星の衛星タイタンで、メーテルをさらわれてしまう鉄郎。救いに行こうとする鉄郎に、老婆は、1丁の銃を手渡した・・・。

999号を列車ジャックした大盗賊アンタレスは、鉄郎たちを人質にして、自分の家の前に999を停車させてしまう。彼は生身の人間でいるメーテルと鉄郎を気に入り、家の中に招待するというが。そこで待っていたのは・・・。

機械の体になった人間の、生身の頃の体が眠る冥王星。そこで鉄郎は、メーテルが氷の墓場で涙するのを見てしまう。その夜鉄郎は、死んだ母の姿を借りた氷の墓場の管理人・シャドウに誘い出され、命を奪われそうになるが・・・。

彗星の巣・コメットステーション駅に到着した鉄郎は、上下もない無重力の世界に驚く。立ち寄った本屋で怪しい男に、いちゃもんをつけられ、撃たれてしまう。医者に行くが、今度は治療のかわりに機械の体を押し売りされそうに・・・！