1940年７月。北大西洋にて英国護衛船がドイツ軍屈指のＵボート艦長を発見した。ドイツ軍オットー・クレッチマーとその部下たちは窮地に立たされることに。艦長の大胆な戦略によりU-99は猛攻撃を耐え抜き、「群狼作戦」を駆使して戦いを繰り広げる。対する敵陣は最新対潜兵器を用い応戦。Ｕボートのエースの身に起きるドラマチックな展開がクライマックスを迎える。

1941年12月。真珠湾攻撃による混乱に乗じて、ドイツ軍Ｕボート司令官カール・デーニッツは５隻の潜水艦に3,000マイル離れた太平洋へ向かい輸送船を撃沈させることを命じる。ミッションはシンプルに、できるだけ多くの輸送船を沈没させ、敵の資源を断つことだ。

1943年１月。南太平洋にいた米潜水艦員たちはなんとか優位に立とうともがいていた。米潜水艦ワフーのダドリー・モートン艦長が流れを変えるために立ち上がる。彼はすべての船団と戦うことを決断した。もしこれが成功すれば、米潜水艦長として初めての賞受賞者となる。

1943年３月。連合軍の２つの輸送船団HX.229とSC.122が英国を目指し北米を出発した。約100隻の船が連合軍の勝利のために食糧や重要な原材料を運ぶ。しかし、ドイツ海軍の大提督カール・デーニッツが指揮するUボートが大西洋沖で待ち構えていた。ジョン・ルーサーが指揮する護衛船が不足する中、彼らは無事に物資を届けることができるだろうか…。

1944年６月。日本船の動きを探る６人の諜報員が敵に追われることに。日本軍占領下のボルネオ島に残された彼らを救えるのは米ガトー級潜水艦ハーダーだけだ。艦長サム・ディーレイは日本軍に包囲された海域を通り抜け、救助に向かう。数十の駆逐艦がうろつく中、ハーダーはたった１隻で諜報員たちを救うことができるのか…。

1943年12月。メンターでありよき友人であったダドリー・モートンを亡くした、米潜水艦タングの艦長リチャード・オカーンは日本軍の商船撃沈のために急襲をかける。これにより、敵船舶の撃沈総数が米潜水艦内でトップとなる。しかし、台湾沖で最後の魚雷によって窮地に立されることになる。命を賭けた戦いが今始まる。