オンボロ空手道場を営む流竜馬に目をつけ、その力を試すべく三人の刺客を送り込む早乙女。その鬼神の如き戦いぶりを見て、竜馬こそがゲッターロボのパイロットにふさわしいと確信した早乙女は、竜馬の不意をつき麻酔銃で彼を眠らせ、研究所へ連れ帰る。やがて目覚めた竜馬が目にしたものは、伝説の生物・鬼の死体だった！

防衛庁特殊兵器管理センターが襲われた。リーダーは革命組織を束ねる男・神隼人。ゲッター線の武器使用に関わる機密に触れた隼人は、早乙女研究所の存在を嗅ぎ付け襲撃を実行する。その能力の高さに興味を覚え、隼人の力を試すべく竜馬を差し向ける早乙女。互角の攻防が続く最中、早乙女研究所は鬼の襲撃を受ける。

大江山のほど近くに、巨躯をもてあます暴れん坊の少年がいた。名を武蔵坊弁慶という。大雪山の寺に引き取られてから数年、平穏な日々を重ねていた弁慶に、ある日異変が襲い掛かった。その寺を鬼が襲撃したのである。住職の機転で何とか寺を脱出した弁慶は、逃げ込んだ山でイーグル号の故障で不時着した竜馬と出会い……。

遂にゲッターロボのパイロット三人が揃った。だが、個性派揃いのためチームワークは最悪で、訓練中にも喧嘩を始める有様。一方、早乙女博士とミチルは鬼の研究に没頭するが、鬼の正体の見当がつかず苛立っていた。そんな折、またも現れた巨大な鬼。竜馬・隼人・弁慶の三人はゲッターロボで迎撃するが……。

不意に現れた鬼の攻撃で肩にダメージを負いながらも、激しい攻防の末、鬼を追い詰めたゲッターだったが、突然、空間に巨大な渦が現れ鬼に逃げ込まれてしまう。再び襲来する鬼。ゲッターロボは迎撃し鬼にダメージを与える。またも現れた渦の中に逃げ込みを図る鬼。今度はゲッターロボも後を追い渦の中に突っ込んでいく。

夜の野原で意識を失っていた竜馬が目を覚ます。そこには鬼の都「黒平安京」があり、鬼を操り都の平安を乱す者こそ安倍晴明という男であった。そこで木造巨大戦艦を指揮して晴明に戦いを挑む源頼光と出会う竜馬。だが、竜馬を鬼だと誤解した頼光は有無を言わさず斬りかかっていく。一進一退の激しい戦いを繰り広げて……。