スコットランドのグラスゴー駅では、ハート・オブ・ブリテン鉄道の寝台列車ロンドン・ユーストン行きが発車時刻を待っている。そんな中、ホームでベビーカーを押す女性がバッグをひったくられる。車掌と運転士が追うが、犯人は車内へ。偶然居合わせたロンドン警視庁の警部補ジョーがバッグを取り戻すも犯人には逃げられてしまう。寝台列車は数分遅れで発車した。しかし、車掌が車掌室の床下に仕掛けられた装置を発見し……。

ロンドンのヴィクトリア駅では、列車をハッキングして乗っ取った犯人による、「鉄道を支配した」というアナウンスが続いている。一方、サイバーセキュリティセンターでは責任者となったアビーが事態収拾のため奮闘していた。そのころ列車では、ジョーが別件で指名手配されていることが乗客たちに明かされる。最後尾車両に追いやられたジョーに代わり、たまたま乗り合わせた運輸大臣ドレイコットがセンターとの連絡役になるが……。

貨物列車の後方にぶつかったものの、なんとか大事故を免れた寝台列車。一方、サイバーセキュリティセンターに列車内の電波スキャン結果が届き、電波妨害機の存在に加え、ゲイガンの衛星電話のほかにもうひとつの衛星電話が通信を試みていたことが発覚。列車内に犯人の仲間がいること示しているとアビーから聞いたジョーは、車掌室の防犯カメラで車内の乗客たちの様子を観察する。そんな中、アビーはある秘策を思い付き……。

ゲイガンが目の前で列車にひかれ、ショックを受けるジョー。一方、サイバーセキュリティセンターでは記者のレイチェルが犯人から受け取ったＵＳＢメモリーのデータを読み込む。中に入っていたのはテヘランに拠点を置くテロ組織ＢＢＧの犯行声明だった。しかし、ＢＢＧが首謀者という確信が持てないアビーは、サジュと対立。そんな中、駅の防犯カメラ映像から１２人以外にもうひとり、謎の人物が列車に乗っていることが分かる……。

ジョーが誤射した銃弾はモイの腹部に当たっており、モイは大量に出血し重傷だった。ジョーが逃げる男を追い詰めると、その男は亡命を望むシリア人で、ビリーがひそかに乗車させた恋人と判明する。一方、アビーはサイバーセキュリティセンターで取り調べを受ける。過去に自身が書いたイランの輸送列車をハッキングするためのコードが今回の攻撃コードの一部と一致したためだ。アビーは攻撃への関与を否定するが……。

列車が二つに切り離され、止まった後方車両に警察が突入する。するとレイチェルが逃走、彼女のバッグから衛星電話が出てくる。一方、走り続けている前方車両では、ジョーとビリーが再び切り離しを試みるが失敗。しかし電波妨害機が後方車両にあったため電波が復活し、ジョーはアビーと連携して列車を止めるための新たな作戦に皆で力を合わせる。そんな中、前方列車から犯人の仲間とおぼしき不審なメールの発信が確認され……。