零は病院に勤務することになったある夜、事故に出くわし、そこで沢病院の看護婦である美里と出会う。患部も見ずに的確な処置をする零に驚く美里。零はブラック・ジャックと名乗る謎の無免許医に移植された「透視能力を持つ眼」を使う天才外科医なのだ。零が沢病院へ来た早々、麻薬密売組織の一員であるという重症患者が運び込まれた。臨床実験もしていない新薬を使わないとこの男は救えない。男の口封じのために麻薬密売組織も動き出した。沢院長は零に手術の依頼をする…。

零のよき協力者であり、人工臓器開発のエキスパートである篠山。篠山は完全内蔵型の人工心臓の開発に成功した。しかしまだ大きすぎて実用はできそうにない。そんな折、零は沢病院に入院していた重度の心臓病患者、杏奈の担当になった。杏奈は長い入院生活で荒む一方。姉の環奈はそんな杏奈を励まし続けるのだが、杏奈の手術に必要な心臓のドナーが見つからない。意を決した環奈は、零に「自分の心臓を使って欲しい」と頼むのだが…。

篠山の車で海に向かう美里たちと零。海が近づき、浮かれる一同だが、遊びに来た訳ではない。海辺にある水族館の水槽の中に今回の患者はいた！ 特殊な病原菌に冒され、水中でないと菌に対する抵抗を維持できないため、水中から出られない少年。零は沢病院に長期入院している少年、賢治とその水中の少年の姿を重ね合わせる…。賢治は空気感染を避けるためガラス張りの密室で生活しているのだ。意を決して水中手術に挑む零だが、突然水族館全体が停電した！

忌まわしくも懐かしい「白い部屋」の記憶…。10年前、沢に救い出されるまでそこにいた零は、そこで一緒に育った無痛症（人体実験でそういう身体にされている）の少女と再会する。それぞれ名前もなく愛称で呼び合っていた仲間たち…。赤いリボンの少女「アカリボン」。再会を喜び、他の仲間たちの消息を知りたがる零だが、アカリボンはすべての記憶を失っていた。そして、アカリボンの体内で何かが起こった！

沢病院に担ぎ込まれた緊急患者大山さやかは原因不明の皮膚の裂傷や骨折を繰り返していた。「何かに憑かれているような」症状を前に零は、7年前の不思議な体験を回想する。火土（ひと）神社の巫女だった幼馴染の雅が封印の儀式を終えた後、腹部から不気味な肉塊のような腫瘍が出来、みるみる巨大化していったのだ。零は雅を救うため、無我夢中で初めての手術に挑んだのだった。それは「人に成り代わりたい」火土神の仕業だったのか？ そして今、さやかは「あの人が傷つくと私も傷つく…。あの人と私は一心同体」と語り出す。「あの人」の正体とは？

ある日、零の元に「ガラスのメス」が送られてきた。これに呼応するように電気機器が一斉に使えなくなり、金属のメスが使えない状況の患者が運び込まれた。25歳のその患者は体中の細胞機能が低下し、急激な老化が進行していた。そしてその男、浅田はかつて零やアカリボンを監禁していた「組織」の一員だったのだ。「組織」の手掛かりでもあるその男をなんとしても救うべく、零は一連の現象の原因である生体磁石を取り除くため、送られた硬質ガラスのメスでオペを開始する。「ガラスのメス」の送り主は誰だったのか？