最上級に危険でリスクの高い任務を担うネイビーシールズ精鋭部隊のメンバーたち。プロの戦闘員として訓練や作戦に臨み、１人の人間として生きる彼らの姿を描く。

化学兵器の製造事実を調査すべく、ジェイソンらシールズはシリアへと向かう。だが証拠採取のため潜入した工場には、救助を必要とする民間人が閉じ込められていた。接近する敵を前に、レイの妻が緊急出産すると知ったジェイソンは、レイに告げるべきか悩む。

ジェイソンとシールズは南シナ海上で拘束された研究者たちの救出に挑む。一方、選抜で“下位5人”に選ばれたクレイは戦闘員としての将来を自ら危うくする。

ジェイソンらシールズは、極悪非道な戦犯を確保すべく任務に当たる。遂行中、予期せぬ展開が起こるが、ジェイソンは任務続行の道を選ぶ。一方、クレイの父親で“問題人物”のアッシュ･スペンサー (Ｃ･トーマス･ハウエル) が、自著宣伝ツアーのためバージニア州へやって来る。

ジェイソンとシールズは南スーダンのアメリカ大使館を守る任務を課された。現地の治安状況が急激に悪化するなか、大使は退避命令の発令を拒む。一方、クレイとステラの関係はより親密になっていく。

シールズはジェイソンの長年のライバル、ボー･フラー (シャリフ･アトキンス) と彼のチームと協力し、軍の上層部が見守るなか奇襲作戦を計画･遂行する。クレイはチームメイトの親族に悲しい知らせを届けることになる。