2003年、建築関係の仕事をしていたジョエルは、娘のサラと平穏に暮らしていた。だがある日、町で謎の寄生菌が発生し、自我を失って凶暴化した人たちが周囲の人に襲いかかる事態となり町を脱出することに...。

感染を疑いジョエルとテスはエリーに銃を向けるが、エリーは腕の傷を見せ、悪化してない理由を説明する。一行はエリーの運命をめぐって衝突しながら、長く放置され感染者が溢れかえるボストンの街を進んでいく。

ジョエルとエリーは危険なカンザスシティーを徒歩で移動することになる。また反乱軍のリーダーであるキャスリンは、殺された兄の仇を討つためヘンリーという男を捜していたが、その捜索は戦いの火種となるのだった。

カンザスシティーではキャスリン率いるレジスタンスがFEDRAを制圧していた。キャスリンが血眼になって捜すヘンリーは、弟のサムと逃亡している中で、ジョエルとエリーに自分たちと手を組むことを持ちかける。

ワイオミング州に到着したジョエルとエリーは、山小屋でひっそりと暮らすマーロンに出会う。弟のトミーを捜しに西へ向かおうとするジョエルたちに、マーロンは「死の川は決して渡るな」と警告するのだった。