感染症による文明崩壊から20年が経ったアメリカ。過去のトラウマを抱えるジョエルは、身元不明の少女・エリーを隔離地域から脱出させる運び屋を任され、2人は生き残りを懸け感染者がはびこるアメリカ全土を横断することに…。