人類を守るヒーロー･ウルトラマンマックス。しかし正体は誰にも分からないためエイリアンという認識だ。そんな時、古代怪鳥レギーラが現れる。カイトはマックスが勇士であることを証明しようと無謀な行動に出る。

太平洋に幻の島･怪獣島が出現する。DASHが出動しカイトとミズキが調査にあたる。そこへ現れたのはピグモン。人間に友好的なこの怪獣は、地球の未来を握る存在だった。カイトとピグモンの間には友情が芽生える。

怪獣島が日本に迫っていた。激突すれば島の岩石が爆発し甚大な被害が予想される。激突まであとわずかという状況のなか、UDF本部はコスモディーバで島を爆撃することを決定する。しかし島にはカイトとミズキが残されていた。