지우와 피카츄 일행은 파동의 전설을 가진 마을, 로타에 도착한다. 마을에서는 마침 세상을 구했다고 일컬어지는 아론 축제가 한창이고, 지우는 한 해의 포켓몬 용사를 결정하는 포켓몬 대회에 참가해서 우승해 상품으로 나무 지팡이를 받는다. 그런데 갑자기 지팡이 속에 봉인 되어 있던 파동의 포켓몬 루카리오가 깨어나고, 환상의 포켓몬 뮤가 피카츄를 데리고 사라져 버린다. 지우 일행은 루카리오와 함께 납치된 피카츄를 데리러 가기 위한 여정을 떠난다.