미성년자의 야간 외출과 인터넷 접속이 금지된 도쿄, 운행 중인 지하철에 옛 것이라 불리는 괴물이 나타난다. 옛 것은 사람들을 학살하며 폭주하지만, 칼을 들고 나타난 사야라는 소녀에 의해 제압당한다. 사야는 지하철에서 구한 마나라는 소녀를 통해 자유를 원하는 미성년자들이 모여 결성한 서라트라는 조직에 협조하게 된다. 이들은 도쿄를 장악한 후미토라는 인물과 그의 배후에 있는 탑이라는 비밀 조직에 맞서려 한다.