연쇄 살인범에게 살해당한 형사의 장례식, 경찰 조직은 슬픔에 빠진다. 기존의 법과 정의만으로 하는 수사로는 이 살인범을 잡을 수 없다고 판단한 경찰청장은 개인적인 아픔을 품고 경찰직에서 물러난 전직 '미친개', 오구탁을 부른다. 더 나쁜 녀석들로 진짜 나쁜 녀석을 잡자는 계획하에, 오구탁은 세 명의 범죄자들을 풀어달라고 요청한다.

비 오는 날만 골라 9명의 여성을 살해해 세간을 떠들썩하게 만든 동북부 연쇄 살인 사건의 범인을 검거하기 위해 나쁜 녀석들이 처음으로 투입된다. 나쁜 녀석들은 저마다의 나쁜 짓 경험과 개성을 살려 범인을 추적해 나가고, 곧 용의자가 잡히지만 웅철을 제외한 나머지는 의아하다는 표정을 짓는다. 한편 태수는 범인의 목적이 될 수 있는 예상 피해자를 보고 깜짝 놀란다.

112로 한 여성의 다급한 신고 전화가 걸려 온다. 적절한 대응을 하지 못한 경찰 조직은 세간의 뭇매를 맞게 되고, 증거 감식 결과 신고한 피해자와 발견된 시체는 서로 다른 피해자라는 사실이 밝혀진다. 납치에서 감금까지 단 3분, 전문가의 향기가 물씬 풍기는 이 사건을 해결하기 위해 다시금 나쁜 녀석들이 활동을 시작한다.

미영은 사건 해결 후 갑자기 거짓말을 하고 사라졌던 웅철을 의심하고, 끌려간 곳에서 의외의 인물을 만나게 된 웅철은 혼자만의 고민을 시작한다. 한편 경찰청장은 오구탁에게 나쁜 녀석들과 함께 인신매매 조직을 소탕해 달라고 부탁한다. 허리부터 친 후 위로 올라가자는 계획 하, 나쁜 녀석들은 다시금 수많은 나쁜 녀석들을 잡기 위해 달리기 시작한다.

도심 속 여유를 즐기던 시민 6명이 엽총으로 살해 당하는 충격적인 사건이 발생한다. 6발의 총성과 6발의 시체, 거기다 연쇄성까지 보이는 이 사건을 해결하기 위해 나쁜 녀석들의 조사가 시작된다. 나쁜 녀석들은 현장에 남겨진 증거를 기반으로 점점 범인을 몰아붙여 나가고, 웅철이 들은 범인의 결정적인 한 마디가 중요한 단서가 된다.

동방파 보스 이두광은 박웅철이 자신의 명령에 따라 이정문을 죽이지 않자 그를 땅에 묻어 버린다. 하지만 차를 타고 이동하던 이두광을 누군가가 납치하는 사건이 발생하고, 우연히 이 현장을 전화로 듣게 된 나쁜 녀석들은 갑자기 사라진 그를 찾기 위해 필사의 추적을 시작한다.