여름 캠프를 준비 중이던 태일은 한솔의 방문으로 사이버 공격에 대해 알게 되고 엄마와 나리가 탄 순환선에 문제가 생기자 바로 역으로 달려간다. 역 안으로 뛰쳐들어간 태일은 갑자기 인터넷으로 들어가게 되고 그곳에서 아구몬을 만난다. 태일과 아구몬이 아르고몬의 공격으로 위기에 처한 순간 아구몬은 그레이몬으로 진화하고 아르고몬을 물리친다. 하지만 한솔에 의해 디지몬이 또 다른 사이버 공격을 시작했다는 사실을 알게 되고 매튜와 가루몬은 이들을 지켜본다.

태일은 매튜와 가루몬을 만나 함께 힘을 합치자고 제안하고 매튜는 마지못해 제안을 받아들인다. 한편 한솔은 미군의 시스템이 공격받는단 정보를 알아내고 태일 일행에게 문제가 되는 장소를 알려준다. 태일 일행은 서로 힘을 합쳐 아르고몬을 공격하지만 발사된 미사일은 서울을 노리고 진화한 아르고몬 앞에 오메가몬이 나타난다.

오메가몬이 아르고몬 궁극체를 해치우지만 이미 발사된 미사일은 멈추지 않고 태일 일행은 직접 미사일을 없애기로 한다. 오메가몬의 활약으로 미사일은 궤도를 바꿔 상공에서 폭발하고 혼란스러웠던 도시는 안정을 되찾는다. 태일은 무사히 현실 세계로 돌아오고 한솔과 함께 네트워크 세계와 디지몬에 대한 얘기를 나눈다. 한편 도시엔 대규모 정전이 일어나고 또다시 네트워크 세계로 들어간 태일은 아구몬과 재회한다.

아구몬과 재회한 태일은 자신처럼 디지털 월드에 오게 된 소라와 함께 디지바이스의 빛이 가리키는 곳으로 향하게 된다. 그러던 중 스나이몬에게 쫓기는 피요몬을 만나고 스나이몬을 피해 절벽에서 뛰어내린다. 한솔에게서 서울의 정전에 대해 들은 태일 일행은 뗏목을 타고 목적지로 향하지만 실러컨몬과 스나이몬의 공격으로 위기에 처한다. 자신을 구하기 위해 위험을 무릅쓰는 소라의 모습에 용기를 얻은 피요몬은 버드라몬으로 진화하고 한솔은 텐타몬과 함께 고래몬에게 잡아먹힌다.

빛이 가리키는 곳에 도착한 태일 일행은 발두르몬이 남긴 메시지를 통해 과거 디지털 월드에서 있었던 싸움과 선택받은 아이들의 사명에 대해 알게 된다. 그러던 중 선택받은 아이들을 노리는 디지몬의 공격을 받게 되고 힘들게 이들을 따돌리는 데 성공한다. 한편 티로몬의 공격을 받은 한솔과 텐타몬은 텐타몬의 진화로 위기를 넘기고 태일 일행이 있는 곳으로 향한다.

대륙으로 가기 위해 바다를 찾던 태일 일행은 과일 도둑이란 오해로 팔몬에게 붙잡히고 시드몬들과 함께 왕국에서 지내는 미나를 만나게 된다. 미나는 본인 또한 선택받은 아이란 걸 알게 되지만 왕국을 위해 이를 거부하고 태일 일행은 힘을 합쳐 태스크몬을 물리치기로 한다. 팔몬은 위기의 순간 자신을 위하는 미나의 마음에 니드몬으로 진화하고 무사히 왕국을 지켜낸다.