아키바에서 억압에 저항하던 오타쿠 혁명군의 리더 오타쿠 히어로는 SSC의 포로가 된 마법소녀 블루를 위해 감옥 요새 빅사이트를 습격한다.

블루 구출에 성공한 오타쿠 히어로와 아나키는 수수께끼의 동물 쿄타로와 함께 마지막 마법소녀 핑크의 행방을 쫓는다. '좋아하는 것을 좋아하는 만큼 좋아할 수 있는 세계'를 되찾기 위해 함께 싸우자고 말했지만 괴상한 공간에서 미친 듯 춤추며 오타쿠들의 공주가 되어 있던 핑크는 완고하게 거부했다. 각오를 시험받기 위해 알약을 입에 넣은 아나키와 블루. 그것은 극채색으로 된 핑크의 뇌내 세계로 가는 입구였는데!

핑크가 다시 동료가 되면서 드디어 세 명의 마법소녀가 모였다. 결의대회를 하기 위해 모인 메이드 카페에서 장난을 치며 소란을 피우는 오타쿠 히어로 일행. 한편, SSC의 수령 SHOBON은 사천왕 중 한 명인 @호에게 출격을 명령한다. 붕괴한 아키바를 무대로 거대 로봇 vs 마법소녀의 장렬한 배틀의 막이 오른다. 메이드 카페에 상주하던 수상한 드라이버, 그리고 @호가 오타쿠에게 품은 격렬한 증오의 정체는.

모습을 드러낸 SSC 사천왕 중 한 명 슬레이어. 아나키는 그녀를 보고 복잡한 감정을 품게 된다. 한편, 사랑해 마지않는 강합금 로봇의 수리 때문에 분주한 오타쿠 히어로는 그것을 그만 칸다가와에 떨어트리고 말았다. 그때, '만세이바시 오타쿠 코뮌'이라고 자신들을 소개한 중년 남자들이 나타난다.어째선지 혁명군을 싫어하고 꺼리는 올드 오타쿠들. 칸다의 수면에서 '오타쿠란 무엇인가'를 건 세대 간 대결의 막이 올랐는데!

마법소녀의 능력을 강화하는 약을 찾아 아키바를 떠난 오타쿠 히어로 일행은 아직도 오타쿠 사냥이 계속되고 있는 적지 시부야에 도착했다. 수상한 외국인 마커스의 안내를 받아 만나게 된 조합사는 약을 주는 대신 어떤 조건을 제시한다. 환상의 미소녀 피규어를 찾아 오타쿠 히어로와 마법소녀들은 SSC의 거점으로 향한다. 그곳은 혁명이 시작된 장소인 '나카노 선 플라자'였는데!

오타쿠 히어로 일행이 나카노 보관고를 습격한 같은 시각, 아키바 해방구는 SSC의 총공격을 받고 있었다. 위기를 감지하고 서둘러 아키바로 향하는 오타쿠 히어로. 그의 뇌리에 떠오르는 아나키, 블루, 핑크와의 과거. 눈 내리는 크리스마스이브에 나타난 소녀들과의 인연, 그리고 원수 SHOBON과의 만남이 교차한다.