키타카가미시의 중학생 아마츠가 히카루는 어느 날, 도움을 요청하는 의문의 목소리에 이끌려, 기억을 잃은 팔 형태의 기계생명체 아르마를 만났다. 엉뚱한 계기로 히카루가 입고 있던 옷에 '결합(데라이즈)'하고 만 아르마. 그런 아르마를 내버려둘 수 없었던 히카루는 아르마와 함께 행동하게 된다. 그때 히카루와 아르마를 노리는 수수께끼의 메카우데 사용자가 나타나는데...!!

아르마를 보호한다는 명목으로 히카루의 반으로 전학 온 메카우데 사용자 무라사메 아키. ARMS(암즈)라는 조직에 소속된 그녀는 하루 종일 히카루와 아르마를 따라다닌다. 그런 하루를 보내고 히카루는 기진맥진했다. 한편, 메카우데들의 자아를 빼앗고 병기로 취급하는 대기업 '카가미 그룹'도 아르마를 노리고 있었는데...?!

ARMS의 본부로 끌려간 히카루와 아르마. 그곳에서 히카루는 메카우데 사용자로서 자신이 완전히 부적합하다는 사실을 알게 된다. 아르마는 호위 대상으로서 ARMS의 감시하에 놓이게 되었다. 그러던 중, 메카우데 사용자의 몸에서 메카우데를 억지로 분리시키는 사건이 연쇄적으로 발생한다. 사건을 조사하러 간 아키와 동행하게 된 히카루와 아르마였는데...