키타카가미시의 중학생 아마츠가·히카루가 도움을 요청하는 수수께끼의 목소리에 이끌려 기억을 잃은 우데형 기계 생명체 알마를 만나 돕게 된다.

아르마를 보호한다며 히카루의 클래스에 전입해 온 ARMS 소속 아키는 시종일관 히카루와 아르마를 따라다닌다. 한편, 메카우데를 병기로만 취급하는 카가미 그룹도 아르마를 노린다.

본부로 끌려간 히카루와 알마는 각각 메카우데 사용자로서 각각 부적합자로, 감시 대상으로 분류된다. 그러던 중, 메카우데 사용자와 메카우데가 억지로 분리되는 사건들이 발생한다.

알마와의 공동생활, ARMS 활동, 그리고 아키와 함께하는 학교생활에 휘둘리던 히카루 앞에 이번엔 히카루의 과거를 알고 있는 듯한 카가미 그룹의 상사, 카가미 준이 나타난다.

가족의 원수인 웜형 메카우데 사용자를 몰아넣은 아키. 하지만 그 정체는 사고에 휘말려 죽은 줄 알았던 쌍둥이 여동생 후부키였다. 예상 밖의 재회와 후부키가 밝힌 사고의 진상을 듣고 당황하는 아키. 하지만 또다른 가혹한 진실이 밝혀지는데.

키타 카가미시 전체에서 갑자기 자아를 잃은 메카우데 사용자들이 폭주하는 사건이 발생했다. 소동의 원흉으로 보이는 웜형 메카우데 아마릴리스와 아마릴리스와 행동을 함께하며 사건에 가담한 것으로 보이는 아키를 찾아 나선 히카루. 한편, 후부키의 목숨을 인질로 잡혀 아마릴리스로부터 히카루를 데려오라는 협박을 받은 아키가 취한 행동은...