대규모 전쟁으로 인한 지구의 지각변동으로 대륙은 바다에 가라앉고 인류도 멸망의 위기를 맞는다. 지구를 탈출하려다 실패한 우주선은 다시 지구의 한 외딴 섬에 불시착한다. 그로부터 20년 후, 우주선 승선자들은 모두 죽고 할아버지 한 사람만 남았다. 승선자들 사이에서 태어난 아이 코난이 할아버지와 함께 ‘홀로 남은 섬’에서 살고 있다. 자연의 품속에서 자라 건강하고 활기찬 소년, 코난은 어느 날 바닷가에 쓰러져 있는 라나를 발견하는데…

기간트에서 먼저 떨어져 바다를 떠돌던 포비와 다이스는 하이하버로 향하는 라나 일행의 배를 발견하고 무사히 구조된다. 하지만 코난의 모습이 보이지 않아서 라나의 불안한 마음은 더욱 커져간다. 라오 박사는 라나에게 이번엔 라나가 코난을 도와줘야 할 차례라고 하면서, 코난을 향해 날아가라고 하는데…

동료를 찾아 떠나라는 할아버지의 말을 따라 홀로 남은 섬을 떠난 코난은 거친 바다를 헤치고 마침내 어느 작은 섬에 도착한다. 그곳에서 포비라는 이름의 한 소년을 만나 서로 힘겨루기를 하며 가까워진다. 다음 날, 다이스 선장이 이끄는 바라쿠다 호가 그 섬에 도착하자 포비는 뭔가를 들고 다이스 선장에게 달려가는데…

코난은 포비로부터 바라쿠다 호가 인더스트리아에서 온 배라는 말을 듣고 바라쿠다 호에 잠입한다. 하지만 포비가 몰래 다이스의 저녁 식사를 훔쳐먹은 걸 들킨 바람에 다이스에게 쫓기게 된다. 코난은 포비를 데리고 헤엄쳐서 섬으로 도망치지만 뒤쫓아온 다이스에게 결국 잡히고 만다. 다이스는 코난과 포비에게 볼기 20대씩을 맞으면 배에 태워주겠다고 하는데…

마침내 바라쿠다 호는 인더스트리아에 도착한다. 코난은 항구에서 라나를 납치한 여사관 몬스키를 발견하고 달려들었다가 다이스에게 붙잡혀 독방에 갇힌다. 한편 인더스트리아의 삼각탑에 갇혀 있는 라나는 최고위원회에서 라나의 할아버지인 라오 박사가 어디에 있는지 알려달라고 추궁을 당하지만, 하이하버로 돌려보내달라는 말만 할 뿐, 할아버지에 대해서는 좀처럼 입을 열지 않는데…

마침내 라나를 구한 코난은 레프카의 부하들을 따돌리고 탈출하기 위해 삼각탑 내부를 헤매다 우연히 지하 격납고에 도착한다. 그곳에는 거대한 독나방 모양의 비행기가 있었다. 라나는 그것을 보고 할아버지에게 들은 이야기를 떠올리며 레프카의 의도를 눈치챈다. 그때, 레프카와 몬스키가 나타나 코난과 라나는 결국 잡히고 마는데…