이형의 바이러스 가스트레아와 맞선 전쟁을 패배한 근 미래, 이에 내몰린 인류는 공포와 절망을 안기며 살아간다. 한편 도쿄에 사는 소년 렌타로는 대 가스트레아 스페셜리스트 민경의 일원으로 생사가 걸린 직업으로 활동한다. 이윽고 파트너 소녀 엔쥬와 싸워가는 렌타로는 어느 날 정부의 특명을 받아 남은 인류를 구하기 위한 임무를 수행한다.